Juan Pinzás nace en la ciudad de Vigo, Galicia (España). Estudia el bachillerato superior en su ciudad natal y posteriormente cursa y se licencia en ingeniería electrónica.
Rueda, entre los años 1977 y 1980, sus primeros cortos en Galicia en formato de Súper-8 mm, titulados: Mónica, Aconteceu en Galicia (Sucedió en Galicia), O derradeiro Fianna (El último Fianna), Amanece en Vigo, Reflexión y Ensueños, con los que participó en distintos certámenes de esta categoría ganando varios premios.
En 1982 funda con su esposa, la actriz Pilar Sueiro, una empresa productora que será pionera en Galicia, PS Films, con la que comienzan sus actividades cinematográficas profesionales. El debut de Juan Pinzás se produce en el campo del cortometraje, llegando a escribir y dirigir, en estos años, 18 cortos de ficción en formato profesional de 35 mm, que fueron exhibidos en los cines de España y premiados en distintos festivales, titulados: Homo Hominis Opus I, Augurio, Virginal, Vestida de fiesta, Una historia gallega, El tubo de rayos catódicos, Cien puntos para Julián Pintos, La tercera mujer, Añoranzas, Juego decisivo, La esfera, Gula, Mujer mujer, Carmín, Hechizo, El rito, Muñeca de azul y Cinefilia. En muchos de estos cortometrajes, Pilar Sueiro, se reveló como una eficaz actriz y asumió en todos ellos la producción ejecutiva.
Tras esta experiencia, Pinzás y Sueiro, fundan la productora Atlántico Films, S.A., y Juan Pinzás da el salto al largometraje, dirigiendo 9 películas hasta la fecha.
Con La gran comedia (1986), su opera prima, participó en la 34 edición del Festival Internacional de Cine de San Sebastián, en la sección “Desayuno con diamantes”, con la que obtuvo una magnífica acogida. Históricamente y según consta en los datos oficiales, La gran comedia, es el primer largometraje en formato profesional de 35 mm del cine y audiovisual gallego (Comunidad Autónoma de Galicia) tras la aparición del cine sonoro. Hasta tres años después, 1989, no se volverían a realizar en formato profesional nuevos largometrajes de producción gallega siguiendo el camino iniciado por la pionera película dirigida por Juan Pinzás. Actualmente, para muchos, La gran comedia, se ha convertido en una película de culto.
El juego de los mensajes invisibles (1991), fue su segundo largometraje, basado en la novela El hijo adoptivo de Álvaro Pombo, gana, entre otros premios, el Glauber Rocha a la Mejor Película en el Festival Internacional de Cinema de Figueira da Foz (Portugal).
En 1992 interviene con Quentin Tarantino en la mesa redonda celebrada en la Mostra Internacional de Cinema de Sao Paulo, invitados ambos como representantes de una nueva generación de directores y participan con sus respectivos films: Reservoir Dogs y El juego de los mensajes invisibles.
Con su tercer largometraje La leyenda de la doncella (1994), consigue, entre otros premios, el Colón de Plata al Mejor Director en el Festival de Cine Iberoamericano de Huelva. La Garza de Oro a la Mejor Película en el Festival de Cine Hispano de Miami. El Unicornio de Plata al Mejor Guión en la Semana Internacional de Cine Fantástico de Estepona. Nominado al Premio Méliès d'Argent del Cine Europeo en el Festival Internacional de Cinema do Porto (Fantasporto).
En 1998 Pinzás produce la opera prima de Pilar Sueiro, Cuando el mundo se acabe te seguiré amando, que la convierte en la primera directora gallega de largometraje.
En 1999 rueda Érase otra vez, la primera película española de la vanguardia europea Dogma 95, obteniendo el Certificado Oficial otorgado por Lars von Trier, con la que participa en numerosos festivales internacionales. Nominada al San Jorge de Oro a la Mejor Película en el Festival Internacional de Cine de Moscú, donde logró una enorme repercusión. Nominada al India Catalina de Oro a la Mejor Película en el Festival Internacional de Cine de Cartagena de Indias. Obtuvo también notable éxito en el Festival Internacional de Cine de San Sebastián en la sección “Made in Spain” (2000).
En 2001 el Festival Internacional de Cine de Burgos (Eninci) rinde un homenaje a Juan Pinzás.
En 2002 el Ayuntamiento de Vigo, su ciudad natal, le otorga el título de "Vigués Distinguido".
Con Días de boda (2002) consigue de nuevo el Diploma Oficial Dogma 95 otorgado por Von Trier. Participa en más de 20 festivales internacionales y logra, entre otros galardones, el Premio al Mejor Director de la Asociación de Cronistas de Espectáculos de Nueva York.
En 2003 el Festival de Cine de Nápoles dedica una retrospectiva y homenaje a Juan Pinzás, junto a los cineastas Carlos Saura y Peter Greenaway.
En 2004 el Festival Internacional de Cine de Praga (Febiofest), dedica una retrospectiva al cineasta gallego.
Con El desenlace (2005), su sexto largometraje, cierra la trilogía oficial Dogma 95 del cine español y obtiene su tercer Certificado del movimiento. La película triunfa en numerosos festivales internacionales en los que consigue destacados premios, como el Especial del Jurado del Latin American Cinema Festival of New York. Mejor Guión en el Miami Latin Film Festival. Nominada al San Jorge de Oro a la Mejor Película en el Festival Internacional de Cine de Moscú (Rusia).
En 2005 el Latin American Cinema Festival of New York (LaCinemaFe), rinde homenaje y retrospectiva a Pinzás.
También en 2005 el Festival de Cine de Ponferrada (España) dedica una retrospectiva de la trilogía Dogma 95 y homenaje a Juan Pinzás, junto al actor Imanol Arias.
En 2006 recibe el Premio Extraordinario de Cine otorgado por la Asociación de Cronistas de Espectáculos de Nueva York.
También en 2006 recibe el Premio de Honor en el Encuentro de Cine Joven de Nueva York, en la Saint John's University.
Igualmente en 2006 el Festival Internacional de Cine de Atenas (Platforma 2006), dedica una retrospectiva de la trilogía Dogma 95 de Juan Pinzás.
En 2007 la Ecole Supérieure d'AudioVisuel (ESAV) de la Universidad de Toulouse le Mirail, Francia, organiza una retrospectiva de la trilogía oficial Dogma 95 de Juan Pinzás y un encuentro del cineasta vigués con los estudiantes de la Universidad francesa.
En 2008 Juan Pinzás recibe en España el Premio Nacional de Cinematografía Cultura Viva por la innovación de su trabajo como cineasta. El jurado, presidido por el filólogo, poeta e investigador español Luis Alberto de Cuenca, reconoce su aportación a las más avanzadas tendencias cinematográficas.
También en 2008 la Academia de las Artes y las Ciencias Cinematográficas de España dedica a Pinzás un ciclo retrospectivo de su obra.
En 2009 dirige su séptimo largometraje Las imágenes perdidas. La otra mirada. Un documental de creación que contó con las colaboraciones de Paul Naschy (en su último trabajo para el cine antes de morir) y Javier Gurruchaga. Participó en la Mostra Internacional de Cinema de Sao Paulo y en la 32 Semana Internacional de Cine de Autor de Lugo.
En 2010 la Filmoteca Española dedicó al cineasta gallego un ciclo de su obra.
En 2013 rueda en EEUU su octavo largometraje New York Shadows (Sombras de Nueva York), nominado al Premio Goya en 2014.
En 2016 la Academia de las Artes y las Ciencias Cinematográficas de España le dedica un nuevo ciclo especial con la proyección de su primer corto Homo Hominis Opus I (1982) y su largometraje New York Shadows (2013).
En 2017 realiza su última película hasta la fecha, El vientre de Europa, primera parte de su Trilogía Europea, un personalísimo e innovador film de vanguardia rodado en Berlín y Madrid, siguiendo el decálogo pinzasiano ideado por el propio cineasta, con el que obtuvo un especial reconocimiento en el Marché du Film del Festival Internacional de Cine Cannes en 2018.
Juan Pinzás ha sido presidente del jurado del Festival de Cine Hispano de Miami (1997) y presentó el homenaje que le rindió el festival al gran cineasta Luis García Berlanga, con el que le unía una buena amistad. Fue también presidente del jurado del Festival de Cine Iberoamericano de Huelva (2000), del que formaron parte las actrices María de Medeiros y Rosa María Sardá.
Juan Pinzás es el único director español reconocido oficialmente en la etapa histórica del movimiento de vanguardia Dogma 95 creado por los cineastas daneses Lars von Trier y Thomas Vinterberg.
Juan Pinzás es miembro de la Academia de las Artes y las Ciencias Cinematográficas de España, de la European Film Academy (EFA), de la Sociedad General de Autores y Editores (SGAE) y de la Entidad de Gestión de Derechos de los Productores Audiovisuales (EGEDA).
